تسببت أزمة ارتفاع منسوب نهر الليطاني نتيجة المتساقطات والاهمال في رفع النفايات عن ضفاف النهر الى ظاهرة جديدة اليوم وهي جر الابقار النافقة من النهر الى بحيرة القرعون ، ويعمل عناصر من المصلحة الوطنية لنهر الليطاني الى تنظيف البحيرة من النفايات الصلبة والجيف، ونقلها الى خارج البحيرة.